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Título : Added Value of Deep Sequencing Relative to Population Sequencing in Heavily Pre-Treated HIV-1-Infected Subjects.
Autor : Codoñer, Francisco M
Pou, Christian
Thielen, Alexander
García, Federico
Delgado, Rafael
Dalmau, David
Álvarez-Tejado, Miguel
Ruiz, Lidia
Clotet, Bonaventura
Paredes, Roger
Filiación: [Codoner,FM; Pou,C; Ruiz,E; Clotet,B]Institut de Recerca de la SIDA irsiCaixa-HIVACAT, Badalona, Spain. [Clotet,B; Paredes,R] Unitat VIH, Hospital Universitari Germans Trias I Pujol, Badalona, Spain. [Thielen,A] Max Planck Institute für Informatik, Saarbücken, Germany. [García,F] Hospital San Cecilio, Granada, Spain. [Delgado,R] Hospital 12 de Octubre, Madrid, Spain [Dalmau,D]Hospital Universitari Mutua Terrassa, Terrassa, Spain. [Álvarez-Tejado,M] Roche Diagnostics SL, Sant Cugat del Vallés, Spain
Palabras clave : Agentes Anti VIH
Agentes Antirretrovirales
Farmacorresistencia Viral
Genotipo
Infecciones por VIH
VIH-1
Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento
Mutación
Piridinas
Pironas
Pirrolidinonas
Terapia Recuperativa
Sulfonamidas
Insuficiencia del Tratamiento
Humanos
Femenino
Masculino
MeSH: Medical Subject Headings::Chemicals and Drugs::Chemical Actions and Uses::Pharmacologic Actions::Therapeutic Uses::Anti-Infective Agents::Antiviral Agents::Anti-Retroviral Agents::Anti-HIV Agents
Medical Subject Headings::Chemicals and Drugs::Chemical Actions and Uses::Pharmacologic Actions::Therapeutic Uses::Anti-Infective Agents::Antiviral Agents::Anti-Retroviral Agents
Medical Subject Headings::Phenomena and Processes::Physiological Phenomena::Pharmacological Phenomena::Drug Resistance::Drug Resistance, Microbial::Drug Resistance, Viral
Medical Subject Headings::Phenomena and Processes::Genetic Phenomena::Genotype
Medical Subject Headings::Diseases::Immune System Diseases::Immunologic Deficiency Syndromes::HIV Infections
Medical Subject Headings::Organisms::Viruses::RNA Viruses::Retroviridae::Lentivirus::Lentiviruses, Primate::HIV::HIV-1
Medical Subject Headings::Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment::Investigative Techniques::Genetic Techniques::Sequence Analysis::High-Throughput Nucleotide Sequencing
Medical Subject Headings::Phenomena and Processes::Genetic Phenomena::Genetic Variation::Mutation::Mutation, Missense
Medical Subject Headings::Chemicals and Drugs::Heterocyclic Compounds::Heterocyclic Compounds, 1-Ring::Pyridines
Medical Subject Headings::Chemicals and Drugs::Heterocyclic Compounds::Pyrans::Pyrones
Medical Subject Headings::Chemicals and Drugs::Heterocyclic Compounds::Heterocyclic Compounds, 1-Ring::Pyrrolidines::Pyrrolidinones
Medical Subject Headings::Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment::Therapeutics::Salvage Therapy
Medical Subject Headings::Chemicals and Drugs::Organic Chemicals::Sulfur Compounds::Sulfones::Sulfonamides
Medical Subject Headings::Health Care::Health Care Quality, Access, and Evaluation::Quality of Health Care::Health Care Evaluation Mechanisms::Outcome and Process Assessment (Health Care)::Outcome Assessment (Health Care)::Treatment Outcome::Treatment Failure
Medical Subject Headings::Organisms::Eukaryota::Animals::Chordata::Vertebrates::Mammals::Primates::Haplorhini::Catarrhini::Hominidae::Humans
Medical Subject Headings::Anatomy::Urogenital System::Genitalia::Genitalia, Female
Medical Subject Headings::Anatomy::Urogenital System::Genitalia::Genitalia, Male
Fecha de publicación : 2011
Editorial : Public Library of Science
Cita Bibliográfica: Codoñer FM, Pou C, Thielen A, García F, Delgado R, Dalmau D, et al. Added Value of Deep Sequencing Relative to Population Sequencing in Heavily Pre-Treated HIV-1-Infected Subjects. PloS one. 2011 May, 6(5):e19461
Abstract: OBJECTIVE: To explore the potential of deep HIV-1 sequencing for adding clinically relevant information relative to viral population sequencing in heavily pre-treated HIV-1-infected subjects. METHODS: In a proof-of-concept study, deep sequencing was compared to population sequencing in HIV-1-infected individuals with previous triple-class virological failure who also developed virologic failure to deep salvage therapy including, at least, darunavir, tipranavir, etravirine or raltegravir. Viral susceptibility was inferred before salvage therapy initiation and at virological failure using deep and population sequencing genotypes interpreted with the HIVdb, Rega and ANRS algorithms. The threshold level for mutant detection with deep sequencing was 1%. RESULTS: 7 subjects with previous exposure to a median of 15 antiretrovirals during a median of 13 years were included. Deep salvage therapy included darunavir, tipranavir, etravirine or raltegravir in 4, 2, 2 and 5 subjects, respectively. Self-reported treatment adherence was adequate in 4 and partial in 2; one individual underwent treatment interruption during follow-up. Deep sequencing detected all mutations found by population sequencing and identified additional resistance mutations in all but one individual, predominantly after virological failure to deep salvage therapy. Additional genotypic information led to consistent decreases in predicted susceptibility to etravirine, efavirenz, nucleoside reverse transcriptase inhibitors and indinavir in 2, 1, 2 and 1 subject, respectively. Deep sequencing data did not consistently modify the susceptibility predictions achieved with population sequencing for darunavir, tipranavir or raltegravir. CONCLUSIONS: In this subset of heavily pre-treated individuals, deep sequencing improved the assessment of genotypic resistance to etravirine, but did not consistently provide additional information on darunavir, tipranavir or raltegravir susceptibility. These data may inform the design of future studies addressing the clinical value of minority drug-resistant variants in treatment-experienced subjects.
Resumen: OBJETIVO: Para explorar el potencial de profundidad del VIH-1 la secuencia de la adición de información clínica relevante respecto a la población viral secuenciación en gran medida de pre-tratamiento del VIH-1 sujetos infectados. MÉTODOS: En un estudio de prueba de concepto, profundo secuencia se comparó con la secuencia de la población en el VIH-1-las personas infectadas con el anterior, tres clases de fracaso virológico que también desarrollaron falla virológica a profundidad la terapia de rescate, incluyendo, al menos, el darunavir, tipranavir, etravirina o raltegravir. La susceptibilidad del virus se dedujo antes de iniciar el tratamiento de rescate y en el fracaso virológico con profunda genotipos de secuenciación y de la población interpretarse con los algoritmos HIVdb, Rega y la ANRS. El nivel de umbral para la detección de mutantes con profunda secuenciación fue del 1%. Resultados: 7 sujetos con exposición previa a una mediana de 15 antirretrovirales durante una mediana de 13 años fueron incluidos. profunda terapia de rescate incluyó darunavir, tipranavir, etravirina o raltegravir en 4, 2, 2 y 5 sujetos, respectivamente. Auto-reporte de la adherencia al tratamiento fue adecuado en cuatro y parcial en dos, una persona sufrió la interrupción del tratamiento durante el seguimiento. profunda secuenciación detecta todas las mutaciones detectadas por la secuenciación de la población e identificar las mutaciones de resistencia adicional en todos, pero cada uno, sobre todo después del fracaso virológico de profundidad terapia de rescate. Información genotípica adicional condujo a una disminución constante en la susceptibilidad a etravirina predijo, efavirenz, los inhibidores nucleósidos de la transcriptasa inversa e indinavir en 2, 1, 2 y 1 sujeto, respectivamente. profunda secuencia de datos no siempre modificar las predicciones susceptibilidad de la población consigue con la secuencia de darunavir, tipranavir o raltegravir. CONCLUSIONES: En este subgrupo de fuertemente pretratados personas, profunda mejorar la secuencia de la evaluación de la resistencia genotípica a la etravirina, pero no siempre proporcionan información adicional sobre darunavir, tipranavir o susceptibilidad a raltegravir. Estos datos pueden informar el diseño de futuros estudios clínicos frente a los valores de la minoría variantes resistentes a los medicamentos en los sujetos con experiencia en tratamientos.
URI: http://hdl.handle.net/10668/208
Versión del editor : http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0019461
ISSN : 1932-6203
Appears in Collections:01- Artículos - Hospital San Cecilio

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